Park jest położony na terenie Sudetów Środkowych na południowym zachodzie ziemi kłodzkiej, przy granicy polsko-czeskiej. Górami Stołowymi nazywana jest znajdująca się na terytorium Polski południowo-zachodnia część rozległej, piaskowcowej płyty wypełniającej Nieckę Śródsudecką, pomiędzy Karkonoszami, a Górami Bystrzyckimi i Orlickimi. Czeski jej fragment nosi nazwę Broumovska Vrchovina i również objęty jest ochroną.

Najdalej wysunięta na północny zachód część po polskiej stronie nosi nazwę Zaworów. Nazwa Góry Stołowe doskonale opisuje ich krajobraz, którego charakterystycznymi elementami są rozległe płaszczyzny zrównań i wznoszące się nad nimi, urwistymi ścianami, płaskie stoliwa skalnych bastionów. W rozległych, zwartych kompleksach leśnych na terenie Parku Narodowego pospolicie występuje jeleń, dzik, sarna, lis, wiewiórka (czarnej i rudej odmiany) oraz drobne gryzonie. Trudniejsze do zauważenia - głównie ze względu na nocny tryb życia - są należące do łasicowatych: borsuk, kuna leśna, tchórz, łasica i gronostaj. Ze ssaków owadożernych częsty jest jeż, a rzadkie ryjówka malutka i typowa dla obszarów górskich ryjówka górska. W charakterystycznym dla Gór Stołowych środowisku spękań i szczelin skał piaskowcowych bytują nietoperze.

Cennym elementem fauny ssaków są małe wiewiórkopodobne nocne zwierzęta, zamieszkujące głównie fragmenty lasów liściastych i mieszanych: orzesznica, bardzo rzadka popielica oraz koszatka. Na polsko-czeskiej granicy swoją ostoję ma muflon - sprowadzony z Korsyki i aklimatyzowany w Sudetach gatunek górskiej owcy.