Miasto leży na Mazurach w Krainie Wielkich Jezior Mazurskich. W Mikołajkach łączą się Tałty z Jeziorem Mikołajskim. W czasach krzyżackich były to dwa oddzielne jeziora połączone strumieniem.
Położenie miasteczka nad atrakcyjnymi jeziorami stworzyło tu żeglarską stolicę Polski. Oprócz tego, znajduje się tu też klasycystyczny kościół ewangelicko-augsburski pw. Świętej Trójcy projektu Schinkla z 1842, z drewnianymi emporami, sklepieniem kolebkowym z kasetonami, oraz wieżą z 1880 r. i neogotycki kościół katolicki Matki Boskiej Różańcowej z 1910 roku.