Obejmuje część Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej – Dolinę Prądnika i Dolinę Sąspowską wraz z przyległymi częściami wierzchowiny jurajskiej. Jest najmniejszym z polskich parków narodowych. Jego symbolem jest nietoperz (nocek orzęsiony). Wyróżnia się formy dolinne i wierzchowinowe. Do form dolinnych należą jary o głębokości do 100 m, nieduże dolinki krasowe, wąwozy oraz terasy i stożki (usypiskowe bądź napływowe). Na wznoszącej się ponad dolinami wierzchowinie występują ostańce.

Największe doliny to Dolina Prądnika i Dolina Sąspowska. Tworzą one krasowe jary o płaskim dnie i stromych, często pionowych lub nawet podciętych zboczach. Ich dnem stale spływają potoki. Do tych dwóch głównych jarów uchodzi wiele mniejszych i przeważnie bezwodnych dolin bocznych. U wylotu dolin bocznych często tworzą się stożki napływowe spychające potok pod przeciwległy brzeg. Obserwujemy to np. u wylotu Wąwozu Korytania, Wąwozu za Krakowską Bramą i innych. Wynikiem kolejnych etapów rozwoju dolin są występujące na zboczach niektórych dolin terasy, pozostałe po nich fragmenty często tworzą ciekawe formy skalne, jak np. Igła Deotymy czy Brama Krakowska.

Terasy te były wygodnym miejscem do wznoszenia budowli obronnych, na terasach właśnie zbudowano zamek w Pieskowej Skale i w Ojcowie. Wapienne podłoże sprzyja powstawaniu jaskiń. Od 1992 r. są one katalogowane, opisano ich na terenie parku ponad 400, przypuszcza się, że jest ich ok. 700. Powstały głównie w wyniku krasowego działania wód. Najdłuższe z nich to: Jaskinia Łokietka, Ciemna, Zbójecka, Okopy Wielka Dolna, Sąspowska, Krakowska, Biała i Koziarnia. Dwie pierwsze są udostępnione do turystycznego zwiedzania.