Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny jest zbudowany z cegły o wątku nowożytnym, w stylu baroku wileńskiego. Obok kościoła w Różanymstoku stanowi jedyny przykład tego typu świątyni na terenach obecnej Polski.

Większość wyposażenia świątyni: ołtarzy, malowideł jest wykonana w stylu barokowym i pochodzi z drugiej połowy XVIII w. Najcenniejszym elementem jest drewniana gotycka figura szafkowa Matki Boskiej z Dzieciątkiem z XV w. wykonana w kształcie tryptyku, będąca od XVII w. przedmiotem kultu religijnego.

W nawie głównej kościoła w miejscu pierwotnego prezbiterium znajdują się zbudowane w 1907 organy neobarokowe, na których od 1993 odbywają się koncerty Międzynarodowego Festiwalu Organowego Młodych Juniores Priores Organorium Seinensis.

Kościół Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny został zbudowany w latach 1610-1619 w stylu późnorenesansowym przez dominikanów, którzy zostali sprowadzeni do Sejn w 1602 z Wilna. Fundatorem sejneńskiego klasztoru był Jerzy Grodziński.

Świątynia została konsekrowana przez biskupa Jerzego Tyszkiewicza w 1632 pod wezwaniem Najświętszej Maryi Panny, św. Jerzego i św. Jacka. W późniejszym czasie do kościoła został dobudowany kompleks zabudowań klasztornych, które ukończono w 1706. W latach 1760-1779 dokonano przebudowy kościoła w stylu baroku wileńskiego. Fundatorką tego przedsięwzięcia była Róża z Platerów Strutyńska.

Podczas przebudowy świątyni zmieniono orientację kościoła. W miejscu poprzedniego prezbiterium zbudowano monumentalną, dwuwieżową fasadę oraz przedłużono wnętrze o dwa przęsła. W trakcie prac zlikwidowano przybudówki połączone z korpusem nawowym i prezbiterium. Rozebrana została dzwonnica stojąca po północnej stronie kościoła