W pobliżu Elbląga, już wcześniej do żeglugi przystosowano płytkie jezioro Druzno, przez które pogłębiono szlak żeglowny o szerokości 20 m. Tamtędy wiódł szlak wodny łączący się z portem Elbląg i dalej z Bałtykiem. Stan ten miał wpływ na powstanie koncepcji połączenia jezior leżących między Wisłą i Pasłęką. Przez wiele lat nikt nie wpadł na pomysł rozwiązania pozwalającego na pokonanie 99-metrowej różnicy poziomu wód na odcinku 10 km miedzy jeziorami Druzno i Piniewo. Ewentualna budowa śluz wymagałaby budowy około 30 takich obiektów hydrotechnicznych.

Nad projektem kanału zaczęto pracować w 1837 a prace rozpoczęto w 1844. Cztery pierwsze pochylnie suche: Buczyniec, Kąty, Oleśnica i Jelenie uruchomiono w 1860. Projektantem i realizatorem Kanału był Georg Jacob Steenke, który przyjął zlecenie Fryderyka Wilhelma II, pragnącego połączyć szlakiem żeglownym Prusy Wschodnie z Bałtykiem.

Podczas robót hydrotechnicznych wyrównywano poziomy wód w zbiornikach na trasie kanału. Na odcinku Miłomłyn – Buczyniec obniżono poziomy luster wody do poziomu Jezioraka (99,5 m n.p.m.). Takie działania były przyczyną obniżenia poziomu wód kilku jezior nawet o ponad pięć metrów.
Na Jeziorze Karnickim (97,5 m n.p.m.), wybudowano akwedukt leżący powyżej lustra wody tego jeziora.

Pierwszy statek przepłynął kanał 31 sierpnia 1860 (odcinek Ostróda – Miłomłyn). Prace prowadzono jednak dalej i kanał uruchomiono do żeglugi towarowej dopiero rok później, 28 października 1861. Ze względu na porę roku nie skorzystało z niego wtedy wiele statków. Oficjalnie kanał oddano do eksploatacji wiosną 1862.

Od sierpnia 2011 do grudnia 2014 przeprowadzona będzie gruntowna rewitalizacja kanału polegająca na kompleksowej przebudowie wszystkich pięciu pochylni, umocnieniu brzegów oraz odmuleniu szlaku wodnego. Ponadto w Buczyńcu powstanie izba historyczna z salą multimedialną oraz ekspozycją m.in. form odlewniczych urządzeń pochylni oraz dokumentów dotyczących powstania kanału, w tym tych z oryginalnymi podpisami jego budowniczego Georga Jacoba Steenke.