Kościół znajduje się nad rzeczką Uszwicą, poza historyczną granicą dawnych obwarowań miejskich Lipnicy Murowanej. Kościół zbudowano prawdopodobnie pod koniec XV wieku, na miejscu wcześniejszej świątyni. Jednak według miejscowej tradycji pochodzi on z roku 1143 lub 1203 – taką datę można odczytać na północno-wschodniej ścianie prezbiterium – i stoi na miejscu dawnej pogańskiej gontyny.

Zachował się do dziś w stanie prawie niezmienionym i należy do najcenniejszych drewnianych kościołów gotyckich Polski. Jest to świątynia orientowana, o konstrukcji zrębowej, dwudzielna. Prezbiterium zamknięte jest wielobocznie. Nawa jest szersza, w kształcie kwadratu. W XVII wieku kościół został otoczony malowniczymi sobotami, w tym czasie dodano także sygnaturkę. Przy prezbiterium nie ma zakrystii, ale prawdopodobnie niegdyś istniała. Dach świątyni jest jednokalenicowy, o konstrukcji więźbowo-zaskrzynieniowej, kryty gontem. Zgodnie z dawną tradycją okna są tylko po stronie południowej, zaś drzwi wejściowe od południa i zachodu.

Wnętrze nakryte jest stropami z zaskrzynieniami w nawie. Na stropach znajduje się polichromia patronowa: w nawie z końca XV wieku, w prezbiterium z XVI wieku. Na zaskrzynieniach znajdują się deski z dekoracją o motywach kasetownowych, wykonaną w XVII wieku. Malowidła w prezbiterium pochodzą z 1689 roku. Na zamknięciu przedstawiono Ukrzyżowanie na tle draperii podtrzymywanej przez aniołów, na ścianie północnej Sąd Ostateczny, na południowej Ostatnią Wieczerzę i wizerunek Najświętszej Marii Panny adorowanej przez św. Szymona z Lipnicy. W nawie, na ścianie północnej, znajduje się polichromia z 1711 roku. Dekoracja chóru muzycznego składają się charakteryzujące się ludową ekspresją malowidła przedstawiające Dekalog. W kościele znajdowały się dawniej trzy zabytkowe tryptyki. Zostały skradzione w 1992 roku, a następnie odzyskane. Zdecydowano się jednak umieścić je w Muzeum Diecezjalnym w Tarnowie. Dziś w Lipnicy można podziwiać ich kopie.

Kościół został poważnie uszkodzony przez powódź w 1997 roku. Woda podmyła wówczas fundamenty i dostała się do wnętrza. Całkowicie zniszczyła kryptę i znajdujący się w niej nagrobek. Świątynię uratowali mieszkańcy wsi, przywiązując ją linami do potężnych drzew. Po ustąpieniu powodzi szybko przystąpiono do gruntownych prac remontowych. W 2003 roku kościół został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO.