Mamry to jezioro polodowcowe morenowe. Jedno z największych jezior w Polsce. Dno jeziora jest zróżnicowane, z licznymi zagłębieniami i wypłyceniami, przy czym część północna jest wyraźnie głębsza. Brzegi jeziora są przeważnie niskie i podmokłe, częściowo porośnięte lasem. W przeszłości jeziora kompleksu Mamr tworzyły oddzielne zbiorniki wodne połączone strumieniami. Poziom wody w jeziorach podniósł się w XVI-XVII w. o kilka metrów. Pod wodą znalazły się m.in.: dawna droga do kościoła z Kalu do Węgielsztyna, niektóre osady i cmentarze pruskie.