Według tradycji przekazanej przez Długosza właścicielem zamku w Czorsztynie w roku 1246 był Piotr Wydżga herbu Janina[1], szlachcic ziemi krakowskiej, następnie krzyżowiec, był on również właścicielem zamku Rytra, Łącka oraz zamku Lemiasz, zmarł w Prusach. Znaczna rozbudowa zamku nastąpiła za czasów Kazimierza Wielkiego. Janko z Czarnkowa w Kronice Katedralnej Krakowskiej zamieszcza informację o fundacji zamku przez tego króla.

Jednak według Jana Długosza Kazimierz Wielki jedynie rozbudował zamek i otoczył go murami obronnymi. W tym czasie zamek stał się jednym z ważniejszych założeń obronnych kraju, z uwagi na położenie przy rozwidleniu szlaków handlowych, w tym ważnej drogi handlowej i dyplomatycznej na Węgry. Usytuowanie na wyniosłej skale pozwalało na kontrolę znacznej części doliny Dunajca. Wzmianki historyczne potwierdzają obecność na zamku Kazimierza Wielkiego, Ludwika Węgierskiego, św. Jadwigi Królowej, Władysława Warneńczyka. Zamek pełnił też funkcję komory celnej, a później siedziby starostów. Upadek zamku rozpoczął się od dewastacji przez wojska kozackie w latach 1734-1735, w czasie walk o tron pomiędzy Augustem II Sasem i Stanisławem Leszczyńskim. W 1790 roku od uderzenia pioruna spaliły się dachy zamku, co gwałtownie przyspieszyło zniszczenie.

W 1819 roku dobra czorsztyńskie wraz z ruinami zamku zakupiła rodzina Drohojowskich, władająca nimi do 1945 r. Nie licząc niewielkich prac prowadzonych przez Drohojowskich, pierwsze prace zabezpieczające ruiny przeprowadziło w latach 1951-1957 Kierownictwo Odnowienia Zamku Królewskiego na Wawelu według projektu prof. Alfreda Majewskiego. Badawcze prace archeologiczne na zamku prowadzili Saba J. Dobrzański, Andrzej Żaki, Lesław Lakwaj, Adam Szybowicz i Barbara Szybowicz. W 1992 roku rozpoczęto kompleksowe prace konserwatorskie według projektu opracowanego przez arch. Piotra Stępnia przy współpracy dr inż. Stanisława Karczmarczyka. Prace te trwają nadal, a od 1996 roku zamek jest udostępniony do zwiedzania.