Muzeum mieści się na piętrze zabytkowej kamienicy przy ulicy Rabiańskiej 9 w Toruniu. Jest muzeum interaktywnym: w zrekonstruowanej XVI-wiecznej piekarni odbywa się produkcja pierników według starych receptur i w tradycyjny sposób przy użyciu narzędzi, jakich używano 500 lat temu. Zwiedzający biorą udział w pokazie, pomagając wyrobić ciasto piernikowe. Następnie przy pomocy form kształtują z ciasta własne pierniki. Przewodnikiem po muzeum jest mistrz piekarski Bartłomiej, któremu pomagają: wiedźma Korzenna i czeladnicy.
W muzeum znajduje się kawiarnia oraz sklepiki z piernikami i pamiątkami.