Historia Włodawy do połowy XV wieku nie jest dobrze znana z powodu braku źródeł. Wiadomo jednak, że istniała już w pierwszej połowie XIII wieku jako jeden z grodów Księstwa halicko-wołyńskiego i już wtedy mieszkała w niej ludność polska, ruska i żydowska. Położenie nad wielką rzeką - Bugiem - sprzyjało szybkiemu rozwojowi miasta jako ośrodka handlowego i tranzytowego.

Zarówno dookoła samego rynku, jak też przy odchodzących od niego wąskich, bocznych uliczkach możemy spotkać wiele zabytkowych kamieniczek. W tym też rejonie znajdują się trzy perły architektoniczne Włodawy, mianowicie barokowy kościół (XVIII w.) zbudowany wg projektu włoskiego architekta Pawła Fontany wraz z przyległym do niego klasztorem (XVII w.), synagogę wzniesioną w roku 1764, przy której znajdują się jeszcze dwa pokrewne budynki (Mała Synagoga oraz Bejt ha-midrasz), oraz cerkiew pod wezwaniem Narodzenia Najświętszej Maryi Panny.
Pierwsza prawosławna świątynia we Włodawie funkcjonowała na pewno na początku XVI stulecia. Od 1772 parafia włodawska należała do unickiej diecezji chełmskiej. Murowaną cerkiew unicką we Włodawie wzniesiono w latach 1840–1843. Po likwidacji diecezji chełmskiej w 1875 parafia włodawska została wcielona do eparchii chełmsko-warszawskiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Od tego momentu cerkiew we Włodawie pozostaje w rękach wyznawców prawosławia. Jej współczesny wygląd jest efektem przeprowadzonej w latach 90. XIX w. gruntownej przebudowy, gdy świątyni nadano cechy stylu bizantyjsko-rosyjskiego z elementami klasycystycznymi.

Włodawa przez wieki była miastem, w którym w zgodzie żyli obok siebie Polacy, Rusini (Ukraińcy) oraz Żydzi, którzy do II wojny światowej stanowili ponad 60% jego ludności. Tradycję wielokulturowości upamiętnia i kultywuje coroczny Festiwal Trzech Kultur (kultur: żydowskiej, polskiej i ruskiej, związanych z trzema religiami: katolicyzmem, prawosławiem i judaizmem). W okresie zaborów Włodawa leżała początkowo w zaborze austriackim, dopiero potem została włączona do rosyjskiego.