Jezioro znajduje się na pograniczu Pojezierza Suwalskiego i Równiny Augustowskiej. Kształtem przypomina literę "S". Ze względu na kształt linii brzegowej pierwotnie jezioro nosiło nazwę Wingry, która wywodziła się od jaćwieskiego słowa wingris (kręty, wijący się). W roku 1418 pod tą nazwą wymienia jezioro polski kronikarz Jan Długosz. Linia brzegowa ma długość około 60 km, brzegi są wysokie i porośnięte lasami iglastymi. Liczne są półwyspy, m.in. Wysoki Wągieł o długość około 4 km, Rosochaty Róg, Klasztorny, oraz wyspy, które zajmują powierzchnię około 70 ha.

Na półwyspie Klasztornym położona jest miejscowość Wigry z zabytkowym klasztorem byłego zakonu kamedułów gdzie w 1999 roku odpoczywał papież Jan Paweł II. Przez cieśniny i strumyki jezioro Wigry łączy się z 16 innymi jeziorami. Przez jezioro przepływa Czarna Hańcza. W części północnej jeziora wpływa rzeka Wiatrołuża. W niektórych zakolach tych rzek ustanowiono ostoje bobrów. Brzegi jeziora mają w większości miejsc pierwotny charakter, nie zmieniony przez człowieka. Są rajem dla zwierząt, w tym dla około 140 gatunków ptaków. Do zachodniego, południowego i wschodniego brzegu jeziora dochodzi Puszcza Augustowska, ciągnąca się daleko poza granice państwa, aż po Druskieniki i Grodno.