Obejmuje dolinę Biebrzy począwszy od jej źródeł, a skończywszy na ujściu do Narwi. Niemal cały bieg rz. Biebrzy znajduje się na terenie parku (ok. 155 km). Ochronę tego terenu zapoczątkowano w latach międzywojennych, tworząc dwa rezerwaty: Czerwone Bagno (w zmienionych granicach istniejący do dziś) oraz Grzędy. W roku 1989 staraniem Towarzystwa Biebrzańskiego utworzono Biebrzański Park Krajobrazowy, obejmujący tereny basenów dolnego i środkowego.

Cztery lata później park krajobrazowy przekształcono w park narodowy. Na terenie Biebrzańskiego Parku Narodowego spotyka się zbiorowiska wodne, bagienne, torfowiskowe, szuwary, a także zbiorowiska leśne (olsy, brzeziny, łęgi). Szczególnie cenna jest duża grupa zbiorowisk mechowiskowych, zawierających liczne gatunki rzadkie i reliktowe (brzoza niska, wierzba lapońska, gnidosz królewski), zanikające w innych częściach kraju Na Bagnach Biebrzańskich gniazduje wiele gatunków ptaków związanych ze środowiskiem bagiennym. Występują tu izolowane stanowiska lęgowe gatunków borealnych, a także gatunków, których centrum zasięgu geograficznego znajduje się w strefie tajgi i tundry. Ponadto Kotlina Biebrzańska ma ogromne znaczenie dla wielu gatunków ptaków żerujących oraz wypoczywających w czasie corocznych wędrówek.